Mulai bulan Mei 1999 s/d Maret 2001, Perpustakaan sebagai unit kerja yang berdiri sendiri dengan sebutan Perpustakaan Umum Kabupaten Gresik yang dipimpin oleh HARJONO, SH sebagai Kepala Perpustakaan Umum Kabupaten Gresik.
Sejak bulan April 2001 Perpustakaan Umum Kabupaten Gresik dimerger dengan Kearsipan, yang didasarkan atas Peraturan Daerah Kabupaten Gresik Nomor 27 Tahun 2000, menjadi suatu lembaga daerah dengan nomenklatur Kantor Arsip dan Perpustakaan Umum Kabupaten Gresik, dipimpin oleh ASNAN, B.A. sebagai Kepala Kantor.
Mengingat ASNAN, B.A. menjalani purna tugas dengan hak pensiun terhitung mulai tanggal 1 Juni 2003, maka ditunjuk HARYONO, S.H. Sebagai Pelaksana Tugas (Plt) Kepala Kantor Arsip dan Perpustakaan Umum Kabupaten Gresik.
Kemudian didasarkan atas Keputusan Bupati Gresik Nomor 821.2/ 07/403.32/SK/2003 Tanggal 23 September 2003 ditunjuk Drs. MIGHFAR SYUKUR sebagai Kepala Kantor Arsip dan Perpustakaan Umum Kabupaten Gresik.
Selanjutnya diganti oleh Drs. SHOHIB, M.M. ter-hitung mulai tanggal 30 November 2005 s/d tanggal 30 Desember 2007, kemudian ditunjuk Drs. Khoirul Huda, M.Si. sebagai penggantinya.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Gresik Nomor 2 Tahun 2008 tentang Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Gresik, Pada tanggal 31 Desember 2008, Drs. KHOIRUL HUDA, M.Si. diangkat dalam jabatan lama sebagai Kepala Kantor Arsip dan Perpustakaan Umum Kabupaten Gresik dengan jabatan baru sebagai Kepala Kantor Perpustakaan dan Arsip Kabupaten Gresik. Beliau menjabat sampai dengan tanggal 18 April 2015 dikarenakan wafat pada tanggal 19 April 2015.
Sebelum Bapak Drs. KHOIRUL HUDA wafat, beliau sempat cuti sakit pada tanggal 16 Maret 2015, kemudian digantikan oleh bapak BUDI RAHARJO, SH sebagai Pejabat Pelaksana Harian Kantor Perpustakaan dan Arsip Kabupaten Gresik sesuai dengan SK Bupati Gresik Nomor : 821.2/12/437.73/2015 dan Surat Kuasa Nomor : 900/001/437.78/2015 terhitung mulai tanggal 16 Maret 2015 s.d. 26 Mei 2015. Berdasarkan SK Bupati No.821.2/23/437.73/2015 per-tanggal 27 Mei 2015 Bapak Budi Raharjo, SH menjadi Pelaksana Tugas Kepala Kantor Perpustakaan dan Arsip Kabupaten Gresik sampai dengan 30 Desember 2016.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Gresik Nomor 12 Tahun 2016 tentang Pembentukan Perangkat Daerah Kabupaten Gresik Kantor Perpustakaan dan Arsip Kabupaten Gresik berubah menjadi Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Kabupaten Gresik yang mana pada tanggal 04 Januari 2017 diangkatlah Ibu Dr. Siti Jaiyaroh, M.Pd menjadi Kepala Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Kabupaten Gresik sampai dengan 22 Agustus 2021.
Pada tanggal 23 Agustus 2021 sampai dengan 22 Juni 2022 Kepala Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Kabupaten Gresik dijabat oleh Dra. Ninik Asrukin, M.M Dan pada tanggal 23 Juni 2022 Bapak Budi Raharjo, SH, M. Sos diangkat menjadi Kepada Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Kabupaten Gresik baru sampai dengan sekarang.